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Nos habiamos quedado en:

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE modification SYSTEM "http://www.simplemachines.org/xml/modification">
<modification xmlns="http://www.simplemachines.org/xml/modification" xmlns:smf="http://www.simplemachines.org/">
   <id>Lucas-ruroken:H1 BBCode</id>
   <homepage>[/b]g]http://svmembers.org</homepage>

Para proseguir tengo que explicar unas variables que se usan a la hora de decir que archivo modificar.
$boarddir: ruta del foro. Ejemplo public_html/foro
$sourcedir: ruta de la carpeta Sources del foro. Ejemplo public_html/foro/Sources
$themedir: ruta de la carpeta Themes/default. Ejemplo public_html/foro/Themes/default
$imagesdir: ruta de la carpeta images del theme default. Ejemplo public_html/foro/Themes/default/images

Bien entonces teniend en cuenta esto prosigamos, debemos colocar el archivo a modificar seguido de <operation>, y luego seguido de lo que vamos a buscar y si lo vamos a reemplazar, agregar antes o agregar despues.
Veamos un ejemplo sencillo:

<file name="$sourcedir/Subs.php">
      <operation>
         <search position="after"><![CDATA[
         array(
            'tag' => 'white',
            'before' => '<span style="color: white;">',
            'after' => '</span>',
         ),
]]>

Como ven estamos buscando en la carpetas sources ($sourcedir) el archivo subs.php, colocamos el <operation>, seguido de lo que vamos a agregar DESPUES (after). Si van a agregar despues de las lineas buscadas colocamos <search position="after">, si vamos a agregar antes de las lines buscadas colocamos <search position="before"> y si vamos a reemplazar las lineas buscadas colocamos <search position="replace">. Si ven bien despues de search colocamos <![CDATA[ , y cuando terminamos de buscar todo colocamos ]]>, eso significa que terminan las sentencias.
Luego de ]]> tenemos que cerrar el search, de esta manera </search>, y abrimos un <add> que es lo que vamos a agregar despues/antes o reemplazar, colocamos la modificacion y cerramos con </add> quedando:

<add><![CDATA[
         array(
   'tag' => 'h1',
   'before' => '<h1>',
   'after' => '</h1>',
   'block_level' => true,
     ),
]]></add>

y colocando <![CDATA[   y  ]]> nuevamente
Cerramos el </operation>. Si no vamos a modificar nada mas de ese archivo cerramos con </file>, pero si vamos a seguir modificando ese archivo, volvemos a abrir con otro <operation>.

Una vez realizada todas las modificaciones cerramos el archivo con </modification>. Podria quedar todo algo asi:

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE modification SYSTEM "http://www.simplemachines.org/xml/modification">
<modification xmlns="http://www.simplemachines.org/xml/modification" xmlns:smf="http://www.simplemachines.org/">
   <id>Lucas-ruroken:H1 BBCode</id>
   <version>1.0.0</version>
   <info>H1 tags will allow us to add our titles</info>
   <homepage>http://svmembers.org</homepage>
   <file name="$sourcedir/Subs.php">
      <operation>
         <search position="after"><![CDATA[
         array(
            'tag' => 'white',
            'before' => '<span style="color: white;">',
            'after' => '</span>',
         ),
]]></search>
         <add><![CDATA[
         array(
   'tag' => 'h1',
   'before' => '<h1>',
   'after' => '</h1>',
   'block_level' => true,
     ),
]]></add>
      </operation>
   </file>
        </modification>

Luego explicare las modificaciones, por ahora tomenlo como ejemplos lo que se reemplaza

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Bueno hasta aca llegamos en esta parte, y ahora en el que sigue vemos lo referido al package-info.xml
Espero que les guste y como dije antes queja, comentario, acotacion o correccion es bien recibida